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臺灣光復之初還有以日據時期會社、組合、神明會名義登記等地籍登記不完整或與現行法令規定不符之情形，因該等情形存在已久，不僅影響土地之有效利用，亦妨礙民眾財產權利之行使。為徹底解決上述地籍問題，爰制定「地籍清理條例」，經總統於96.3.21公布，並於97.7.1起施行。依地籍清理實施計畫規定，97年及98年度直轄市、縣(市)政府陸續清理之對象分別為：
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97年度：
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98年度：
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民眾如有上述土地或建物登記問題，應於臺南縣政府公告之受理申報或受理申請登記期間內，儘速向臺南縣政府主管機關申報或本所(限永康市轄區範圍內)申請登記，以確保自身權益。
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 神明會土地及建物之清理 |
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神明會係同信仰一個神佛之會員或信徒，集資購置財產，每年以其收益辦理該神佛祭典之組織，其名稱通常稱為「會」、「社」、「堂」，亦有稱「季」、「盟」、「閤」、「亭」「祠」、「祀典」者，其表明神明會意義名稱上，冠以神佛之名稱或特定公號之名。由於神明會並非法人，無權利能力，自不得為不動產登記之權利主體，依地籍清理條例規定，神明會申報清理後應成立法人，並就其土地辦理法人更名登記，或依其規約或經會員或信徒過半數書面同意，就其土地登記為現會員或信徒非別共有或個別所有。
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38年12月31日以前登記之抵押權之清理
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臺灣光復初期辦理土地權利憑證繳驗之申報期限(38年12月31日)以前登記之抵押權，迄今尚未塗銷者，影響土地的融資及處分，為兼顧所有權人及抵押權人之權益，並促進土地利用，依地籍清理條例規定，土地或建物所有權人得申請塗銷登記。如因塗銷登記造成抵押權人之損害，由該所有權人負損害賠償責任。
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34.10.24以前登記之限制登記之清理：
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臺灣光復(34.10.24)以前之查封、假扣押、假處分登記迄今尚未塗銷者，不僅限制土地所有權人處分其土地權益，致影響土地利用，對於債權之保全亦無實益。依地籍清理條例第30條規定，土地所有權人得申請塗銷登記，經登記機關公告3個月，期滿無人異議者，塗銷之。如因塗銷登記造成債權人之損害，由土地所有權人負損害賠償責任。
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45.12.31以前登記之未定期限地上權：
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臺灣光復初期辦理土地總登記時，其土地上有建物者，而土地為共有，或建物與其基地不同一人所有，按當時規定，建物應同時辦理地上權登記，並得由使用人單獨申請登記，其合理性有待斟酌。該等地上權登記，均發生於45.12.31前，其定有期限者，期限多已屆滿；至於未定有期限者，如地上權人姓名不詳，土地所有權人難以會同申請地上權塗銷登記，且土地上無地上權人之建物或其他工作物者，顯然地上權人未行使其權利，而該地上權登記非但未能促進土地利用，對於土地所有權人及後順位他項權利人等利害關係人權益影響甚鉅。此類地上權依地籍清理條例第29條規定，土地所有權人得申請塗銷登記，經登記機關公告3個月，期滿無人異議者，塗銷之。如因塗銷登記造成地上權人之損害，由土地所有權人負損害賠償責任。
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日據時期會社或組合土地之清理：
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日據時期之會社、組合，性質類似現今之公司法人、合作社，臺灣光復後如未依法辦理公司、法人登記，即非法人，依法不應為登記主體。依地籍清理條例第二章規定，原權利人或其繼承人應申請更正登記。
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38.12.31以前非以法定物權名稱登記者之清理：
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現存以典權或臨時典權名義登記之不動產質權、賃借權及其他非以法定不動產物權名稱登記之土地權利，多為臺灣光復初期辦理土地權利憑證繳驗之申報期限(38.12.31)以前由權利人按日據時期登記之土地權利名稱申報登記者，或由日據時期土地登記簿轉載者，依法非屬應登記之物權，影響土地所有權人權利之行使，於地籍管理上亦有困擾。依地籍清理條例第27條規定，由登記機關公告3個月，期滿無人異議，逕為塗銷登記。
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寺廟或宗教團體土地之清理：
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 原以寺廟或宗教團體名義登記， 34.10.24前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者： |
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原以寺廟或宗教團體名義登記， 於34.10.24前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，依地籍清理條例第34條及第36條規定，經登記名義人或其繼承人同意，由該寺廟或宗教團體檢附證明文件向土地所在地直轄市或縣（市）主管機關申報，經審查無誤後公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管土地登記機關申請更名登記。
如登記名義人為行蹤不明或住址資料記載不全之自然人；或為未依本條例第17條規定申請更正之會社或組合，且無股東或組合員名冊者，得由該寺廟或宗教團體檢附相關證明文件，並切結真正權利人主張權利時，該寺廟或宗教團體願負返還及法律責任後申報。
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以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用者：
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目前部分依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，係以未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記為所有權人，其能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，依地籍清理條例第35條及第36條規定，由該已依法登記之寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，向土地所在地之直轄市或縣（市）主管機關申報，經審查無誤後公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管土地登記機關申請更名登記；如果未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，為協助現使用之寺廟或宗教團體取得土地所有權，依地籍清理條例第37條及第38條規定，由現使用之寺廟或宗教性質之法人，於申報期間內向土地所在地之直轄市或縣（市）主管機關，按當期公告土地現值，申請代為讓售予該寺廟或宗教性質之法人，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，並限期繳納價款後，發給土地權利移轉證明書，再據以向該管該管登記機關申請移轉登記。
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日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，地籍清理條例施行時登記為公有之土地者：
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日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理登記，或移轉後被日本政府沒入，致光復後被接收登記為公有，半自始即為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益，依地籍清理條例第39條及寺廟或宗教團體申請贈與公有土地辦法規定，由該已依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人向土地管理機關就其實際管理、使用或收益範圍，申請贈與，再據以向該管該管登記機關申請贈與登記。
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